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文章詳情

高光譜顯微成像系統(tǒng)結(jié)合多數(shù)據(jù)Faster RCNN的白細(xì)胞快速檢測(cè)

日期:2024-11-26 00:14
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摘要:大連工業(yè)大學(xué)王慧慧教授團(tuán)隊(duì)使用如圖1b所示的HMI系統(tǒng)采集血液圖片的高光譜數(shù)據(jù)。它由一個(gè)image-λ -N17E近紅外高光譜成像系統(tǒng)(江蘇雙利合譜公司)和一個(gè)三目生物顯微鏡(Nikon Eclipse 80i)和鹵光源組成。高光譜數(shù)據(jù)的波長(zhǎng)范圍為382.3 ~ 1020.2 nm,光譜分辨率為1.8 nm。

背景

白細(xì)胞(White blood cells, WBCs)是血液的重要組成部分,具有抵抗病毒和**感染的功能。在一定的血容量中,白細(xì)胞的數(shù)量和比例為醫(yī)生診斷相應(yīng)**提供了有價(jià)值的信息。無論是白細(xì)胞計(jì)數(shù)還是形態(tài)檢測(cè),需要解決的關(guān)鍵問題是實(shí)現(xiàn)白細(xì)胞的分類和識(shí)別。然而,傳統(tǒng)的顯微鏡方法嚴(yán)重依賴于操作人員的經(jīng)驗(yàn),檢測(cè)方法過于復(fù)雜。

近年來,相應(yīng)的計(jì)算機(jī)視覺算法和系統(tǒng)已廣泛應(yīng)用于血細(xì)胞自動(dòng)檢測(cè)領(lǐng)域。然而,大多數(shù)識(shí)別算法只是將特征提取和分類模塊按順序疊加在一起。當(dāng)樣本空間較小或類間差距不明顯時(shí),這些算法的泛化能力和穩(wěn)定性就無法得到保證。深度學(xué)習(xí)具有準(zhǔn)確、**、穩(wěn)定的特點(diǎn),這在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域和大量圖像的分析和處理中具備巨大應(yīng)用價(jià)值。但是常用的僅基于具有細(xì)胞空間特征的灰度或RGB圖像,容易受到多種環(huán)境因素的影響,如顯微鏡的光學(xué)條件、載玻片的厚度等。

高光譜成像(Hyperspectral imaging, HIS)技術(shù)是圖像和光譜技術(shù)的結(jié)合。獲得的高光譜數(shù)據(jù)包含被檢測(cè)目標(biāo)的空間和光譜特征。雖然HSI在空間特征的基礎(chǔ)上提供了豐富的光譜信息,但數(shù)百個(gè)窄波段使得每張高光譜圖像占用過多的內(nèi)存,巨大的計(jì)算資源占用使得快速檢測(cè)難以實(shí)現(xiàn)。降低計(jì)算成本的有效方法是從整個(gè)高光譜圖像中選取目標(biāo)區(qū)域作為感興趣區(qū)域(Region of interest, ROI),只計(jì)算ROI的光譜信息。然而,ROI的獲取必須是手工的,不能滿足快速和自動(dòng)的要求。

具體研究?jī)?nèi)容如下:(1)利用高光譜顯微成像(Hyperspectral microscopic imaging, HMI)系統(tǒng)獲取血液涂片中含有白細(xì)胞區(qū)域的影像,并對(duì)每種類型的白細(xì)胞進(jìn)行標(biāo)記,形成五種分類的數(shù)據(jù)集。(2)根據(jù)VGG16網(wǎng)絡(luò)架構(gòu)構(gòu)建一維CNN網(wǎng)絡(luò),并基于WBC的光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行相應(yīng)的訓(xùn)練和預(yù)測(cè),驗(yàn)證光譜數(shù)據(jù)作為WBC分類依據(jù)的可行性。(3)與一維CNN相似,采用Faster RCNN作為對(duì)照組,基于偽彩*圖像對(duì)WBC進(jìn)行識(shí)別分類,觀察基于單一數(shù)據(jù)的分類準(zhǔn)確率。(4)*后,構(gòu)建了基于圖像和光譜特征的多數(shù)據(jù)Faster RCNN深度學(xué)習(xí)模型,并探討多數(shù)據(jù)聯(lián)合在白細(xì)胞檢測(cè)中的可行性和優(yōu)勢(shì)。

試驗(yàn)設(shè)計(jì)

大連工業(yè)大學(xué)王慧慧教授團(tuán)隊(duì)使用如圖1b所示的HMI系統(tǒng)采集血液圖片的高光譜數(shù)據(jù)。它由一個(gè)image-λ -N17E近紅外高光譜成像系統(tǒng)(江蘇雙利合譜公司)和一個(gè)三目生物顯微鏡(Nikon Eclipse 80i)和鹵光源組成。高光譜數(shù)據(jù)的波長(zhǎng)范圍為382.3 ~ 1020.2 nm,光譜分辨率為1.8 nm。

為了驗(yàn)證高光譜成像數(shù)據(jù)用于WBC分類的可行性,本研究構(gòu)建三種網(wǎng)絡(luò)模型并探索其性能:基于WBC光譜數(shù)據(jù)的一維CNN、基于WBC圖像特征的Faster RCNN和基于融合光譜和圖像特征的多數(shù)據(jù)Faster RCNN。一維CNN參考VGG16,具體結(jié)構(gòu)如圖2所示。圖3是Faster RCNN的詳細(xì)結(jié)構(gòu)。其特征提取網(wǎng)絡(luò)為Resnet18,RPN網(wǎng)絡(luò)可以大大提高檢測(cè)WBC等小目標(biāo)的能力。*后,Dense和Softmax層將建議的框坐標(biāo)和特定WBC類別作為Faster RCNN的輸出。對(duì)原有的Faster RCNN網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行修改,即在Faster RCNN的結(jié)構(gòu)中加入光譜數(shù)據(jù)提取模塊、光譜特征提取網(wǎng)絡(luò)(一維CNN)和特征融合(Concatenate)層,構(gòu)建多數(shù)據(jù)Faster RCNN檢測(cè)模型(圖4)。

圖1 主要研究流程圖

圖2 基于光譜數(shù)據(jù)的一維CNN結(jié)構(gòu)

圖3 Faster RCNN的結(jié)構(gòu)

圖4 多數(shù)據(jù)Faster RCNN

結(jié)論

如圖5所示,在450 ~ 570 nm波長(zhǎng)范圍內(nèi)存在一個(gè)明顯的吸收谷,在640 ~ 680 nm波長(zhǎng)范圍內(nèi)存在一個(gè)較小的吸收谷。5種白細(xì)胞中,Neu、Eos、Lym和Mon含有酸性磷酸酶和過氧化物酶,Bas含有大量的肝素和組胺酶。同時(shí),Neu還含有堿性磷酸酶,Eos含有芳基硫酸酯酶,Lym含有游離核糖體,Mon含有非特異性酯酶。所有這些成分都是蛋白質(zhì)。因此,我們認(rèn)為光譜反射率的差異是由于每個(gè)白細(xì)胞中所含酶的差異造成的,這兩個(gè)吸收谷可能是白細(xì)胞檢測(cè)模型的重點(diǎn)關(guān)注區(qū)域。

圖5所有WBC(a)和五種WBC(b)的平均光譜反射率曲線

一維CNN對(duì)WBC的分類結(jié)果如圖6所示。從圖中可以清楚地看到,模型在第20次迭代時(shí)基本收斂,校準(zhǔn)集和驗(yàn)證集的損失分別為0.19和0.26,說明一維CNN對(duì)WBC光譜數(shù)據(jù)具有較強(qiáng)的適應(yīng)性,適合分類。從混淆矩陣可以看出,每次分類的準(zhǔn)確率都達(dá)到90%以上,沒有出現(xiàn)過擬合現(xiàn)象,說明該模型具有很好的泛化能力。模型的精度隨著召回率的增加而降低。另外,大多數(shù)白細(xì)胞的PR曲線在下降之前是穩(wěn)定的,而Lym和Mon的PR曲線波動(dòng)幅度較小,推測(cè)這兩種白細(xì)胞中的酶相似,因此它們的光譜反射率非常接近,使得模型難以有效區(qū)分。

圖6 一維CNN的分類結(jié)果

WBC二維偽彩色*像應(yīng)用于Faster RCNN建模。從圖7的光譜波段權(quán)重可視化可以看出,模型主要關(guān)注400 ~ 570 nm和640 ~ 700 nm范圍內(nèi)的波段。這兩個(gè)范圍內(nèi)的波段被模型賦予了更多權(quán)重,從而包含了更多用于WBC識(shí)別的特征信息。在上述波段范圍內(nèi),在420.8 nm、536.5 nm和672.8 nm處存在較強(qiáng)的光譜響應(yīng)峰和波谷,表明其對(duì)應(yīng)的圖像將包含較強(qiáng)的響應(yīng)信息,選擇這些波峰和波谷進(jìn)行偽彩*圖像合成。然后,將這三個(gè)波段對(duì)應(yīng)的單通道光譜圖像分別映射到R、G、B三個(gè)顏色通道進(jìn)行合成。

圖8顯示了基于Faster RCNN的5種WBC類別在兩種不同圖像下的檢測(cè)結(jié)果。圖9展示了Faster RCNN模型的具體分類結(jié)果。從模型訓(xùn)練的角度來看,總損失在20次迭代之前迅速下降,80次迭代之后趨于平緩,基本收斂,這證明了Faster RCNN在本W(wǎng)BC圖像數(shù)據(jù)集中是可行的。與一維CNN相比,F(xiàn)aster RCNN不僅在訓(xùn)練過程中收斂速度更慢,而且在Neu和Eos中的分類準(zhǔn)確率也要低得多。然而,由于Lym的形態(tài)特征與Neu和Eos有很大的不同,因此不會(huì)與這兩者混淆。

圖10為從預(yù)測(cè)集得到的CAM圖。重點(diǎn)著色的區(qū)域基本集中在白細(xì)胞的細(xì)胞核上,這證明該模型主要根據(jù)細(xì)胞核的特征來區(qū)分不同的白細(xì)胞。而Lym和Mon的細(xì)胞核占據(jù)了大部分的細(xì)胞空間,使得細(xì)胞核的形態(tài)特征難以識(shí)別,導(dǎo)致模型將背景中一些顏色更深、體積更大的紅細(xì)胞誤識(shí)別為L(zhǎng)ym或Mon。然而,紅細(xì)胞與白細(xì)胞在組成上有很大的不同,這使得它們?cè)诠庾V反射率上更容易被識(shí)別。為此,建立基于光譜反射率和圖像特征的多數(shù)據(jù)Faster RCNN聯(lián)合檢測(cè)模型,利用光譜和圖像的融合特征,提高模型對(duì)WBC的分類精度。

圖7 基于預(yù)測(cè)集WBC光譜波長(zhǎng)的梯度加權(quán)類激活映射

圖8 基于偽彩色*像的Faster RCNN對(duì)白細(xì)胞的檢測(cè)結(jié)果

圖9 Faster RCNN的分類結(jié)果

圖10 基于Faster RCNN的預(yù)測(cè)集梯度加權(quán)類激活映射

圖11詳細(xì)展示了多數(shù)據(jù)Faster RCNN的分類結(jié)果。當(dāng)?shù)螖?shù)達(dá)到40次時(shí),校準(zhǔn)集和驗(yàn)證集的總損失值分別下降0.008和0.03,然后趨于穩(wěn)定,證明模型訓(xùn)練效果良好。與前兩種模型相比,Lym或Mon的分類精度有所提高。此外,各類別之間的混淆較少,表明該模型的預(yù)測(cè)能力得到了提高。從圖11c和表1可以看出,Lym和Mon的AP值改善*為明顯,分別達(dá)到0.917和0.911。融合特征的分類不僅減少了白細(xì)胞之間的誤判,而且有效地減少了背景與白細(xì)胞目標(biāo)之間的誤判。證明了多數(shù)據(jù)聯(lián)合檢測(cè)相對(duì)于單一數(shù)據(jù)檢測(cè)的可行性和優(yōu)勢(shì)。

多數(shù)據(jù)Faster RCNN在預(yù)測(cè)集中得到的CAM圖如圖12所示。與單一數(shù)據(jù)一維CNN聚焦的400 ~ 570 nm和640 ~ 700 nm波段范圍相比,多數(shù)據(jù)Faster RCNN模型在融合特征的指導(dǎo)下,聚焦的波段范圍分別為380 ~ 570 nm和640 ~ 950 nm。同時(shí),與單一數(shù)據(jù)Faster RCNN相比,背景的注意區(qū)域明顯變窄,暗紅色*域更集中在核區(qū)。這表明該模型更關(guān)注細(xì)胞的各種特征,而不是背景,有利于在復(fù)雜情況下準(zhǔn)確檢測(cè)白細(xì)胞,提高模型的泛化能力。

與現(xiàn)有的白細(xì)胞檢測(cè)方法相比,多數(shù)據(jù)Faster RCNN可以實(shí)現(xiàn)大量白細(xì)胞樣本的自動(dòng)快速檢測(cè),并且HMI的引入可以獲得高質(zhì)量的細(xì)胞高光譜圖像,大大提高了檢測(cè)的準(zhǔn)確性。該研究為其他生物試驗(yàn)的高效準(zhǔn)確開展提供了技術(shù)參考。

圖11 多數(shù)據(jù)Faster RCNN的分類結(jié)果

表1 多數(shù)據(jù)Faster RCNN在不同WBC分類中的性能比較

圖12 多數(shù)據(jù)Fasteer RCNN在預(yù)測(cè)集中的梯度加權(quán)類激活映射

作者信息

王慧慧,博士,大連工業(yè)大學(xué)機(jī)械工程與自動(dòng)化學(xué)院教授,博士生導(dǎo)師。

主要研究方向:基于機(jī)器視覺的智能檢測(cè)研究、裝備數(shù)字化設(shè)計(jì)。

參考文獻(xiàn):

Zeng, F., Du, Z., Li, G., Li, C., Li, Y., He, X., An, Y., & Wang, H. (2023). Rapid detection of white blood cells using hyperspectral microscopic imaging system combined with Multi-data Faster RCNN. Sensors and Actuators B: Chemical, 389.

https://doi.org/10.1016/j.snb.2023.133865

川公網(wǎng)安備 51011202000202號(hào)